Kostel byl postaven v letech 1844 -1847 podle plánů architekta Franze Beera. Podle některých pramenů byly zvony na věž kostela přemístěny ze zámecké kaple. Původně měl kostel tři zvony. Největší se jmenoval Josef pocházející z roku 1725 a vážící přes 800 kg. Nejstarší byl Donát z roku 1629 a nejmenší byl Jan o váze jen něco málo přes 200 kg.

v roce 2005 byly zavěšeny tři nové zvony. Jmenují se sv. Jan Nepomucký, sv. Vojtěch, sv. Václav.

Kostel je postaven v novogotickém stylu, obdélný s příčnou lodí, věž je vysoká 56 m před západním průčelím.

Sv. Jan Nepomucký je patronem schwarzenberského rodu. Proto se na svátek Jana, 16. května, koná na Hluboké svatojánská pouť. Dnes sice najdeme v kalendáři nejčastěji jméno Přemysl, ale tento den je svátkem i Jana Nepomuckého.